小反刍兽疫病毒及山羊痘病毒N-ITR基因二联实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

Peste des petits ruminants virus (PPRV) and goat pox virus (GTPV) are the causative agents of two kinds of goats’ diseases-peste des petits ruminants and goat pox which can cause disaster economic losses. In order to detect the two viruses simultaneously and quickly, two sets of primers and relative probes were designed based on the nucleoprotein (N) gene of PPRV and the inverted terminal repeat (ITR) segment of GTPV， respectively. In order to work together in the same reaction, the probes were labeled with different fluorescent materials 5′FAM-TAMRA3′and 5′JOE-Eclipse3′，respectively. Results showed that the duplex Real-time RT-PCR assay was identified to be specific for PPRV and GTPV only and specific fluorescent signal could be detected, but the related viruses including fowl pox virus（FPV）and canine distemper virus (CDV) had no specific fluorescent signal. Positive recombinant plasmids (PPRV pMD18-T-N and GTPV pMD18-T-ITR) were built and used for positive quantitative templates to establish duplex standard curves. The developed assay based on the probe N-ITR was found to be highly specific and sensitive with a detection limit of 10² copies/μL cDNA and 10³ copies/μL DNA for PPRV and GTPV， respectively. Finally, the duplex Real-time RT-PCR assay for simultaneous detection of PPRV and GTPV was established preliminarily in the study.     

苹果属无融合生殖SERKs基因家族的克隆和表达分析

本研究利用同源克隆法以苹果属平邑甜茶和杂种后代叶片为试验材料,克隆得到4个SERK基因家族片段,并分析了SERKs家族基因在平邑甜茶和杂种后代不同器官和组织中的表达情况。研究结果表明:分离获得的4个SERK基因家族片段的氨基酸序列与模式植物拟南芥、烟草等植物的同源性均在84%以上,同时与其他物种的氨基酸序列进行Blast比对都具有较高的同源性;RT-PCR定量分析结果表明SERK1、SERK2、SERK3、SERK4基因主要在生殖器官中表达。因此,推测SERKs基因在平邑甜茶和杂种后代生殖发育过程中起着重要的调控作用。本研究结果为进一步揭示无融合生殖的发生机理奠定了基础。     

检测绵羊源爱知病毒D型荧光RT-PCR方法的建立和应用

绵羊源爱知病毒D型(ovine Aichivirus D)是在国内绵羊中新发现的病毒,本研究根据绵羊源Aichivirus D 3D基因序列设计检测引物,通过反应体系和条件优化,成功建立了检测绵羊源Aichivirus D的TB Green染料法荧光RT-PCR方法,该方法特异性和稳定性良好,灵敏度高。对2020年4月―2021年5月采集自四川6个场253份绵羊粪便样本(健康羊的133份,腹泻羊的120份)进行检测,结果该病毒的平均检出率为8.7％,场阳性率为66.7％。其中,腹泻粪便样本中绵羊源Aichivirus D阳性率(17.5%)显著高于非腹泻粪便样本中绵羊源Aichivirus D阳性率(0.75%,P<0.001)。表明绵羊源Aichivirus D可能是引起以上地区绵羊腹泻的病原。从绵羊源Aichivirus D的阳性样本中成功克隆出大小为1 422 bp的13个完整的绵羊源Aichivirus D 3D基因,其核苷酸相似性为99.4％～100.0％。遗传演化分析发现这13株绵羊源Aichivirus D 3D基因与本实验室前期研究上传的绵羊源Aichivirus D 3D基因共同聚为单独的一个大支。本研究为绵羊源Aichivirus D的分子检测提供了一种新的方法和基础流行病学数据。     

一种快速提取盐桦叶片总RNA的方法建立

从植物组织中提取高质量的RNA是进行植物分子生物学研究的必要前提和关键。盐桦细胞中存在大量的胶质和多糖类物质，用Trizol试剂根本不能获得RNA。本研究采用CTAB-LiCl法，提出了一种适合盐桦叶片总RNA的简单快速提取方法。消除了蛋白质、DNA、多糖、多酚等污染。该方法提取的盐桦叶片总RNA，完整性好、纯度高，可用于RT-PCR等实验操作，此法无需特殊试剂和贵重仪器，实验结果稳定，重复性好，适合富含多糖和脂质的植物组织总RNA的提取。     

大豆吡哆醇生物合成蛋白基因(PDX)的电子克隆和进化分析

电子克隆(In silicocloning)是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。根据物种间同源基因相对保守的特点,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)吡哆醇生物合成蛋白cDNA序列为信息探针,对大豆(Glycine max)EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了1 280 bp长的大豆吡哆醇生物合成蛋白的基因序列(GenBank登陆号为DQ139265)。经过RT-PCR扩增、基因组PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致。该基因具有完整的开放阅读框架(ORF,20~955 bp),编码311个氨基酸。通过与水稻、日本百脉根、烟草、截形苜蓿等物种的吡哆醇生物合成蛋白序列比对,发现该基因具有高度的保守性。表明根据物种间同源基因序列,对跨物种间EST数据库进行同源检索、筛选、拼接,是克隆基因的有效途径。     

中国美利奴羊PROP1和PRLR基因的表达分析

本研究旨在探讨PROP1和PRLR基因在绵羊不同组织中的表达差异及其发育变化规律。利用荧光实时定量PCR技术分析了PROP1和PRLR基因在中国美利奴成年母羊13种组织中的表达谱信息,并检测了垂体组织中PROP1基因和垂体、卵巢、睾丸和皮肤组织中PRLR基因在0、7、14、30、60和90日龄时表达水平的发育变化。结果表明:PROP1基因仅在绵羊垂体组织中表达;而PRLR基因在绵羊各种组织中广泛表达,且在子宫和下丘脑组织中的表达量高于其它组织(P<0.01)。垂体组织中的PROP1基因表达量较低,在7日龄高于30(P<0.01)、14和60日龄(P<0.05)。垂体组织中PRLR基因表达量在30日龄时最高,之后急剧下降,各日龄间无差异(P>0.05);在卵巢组织中从7日龄起呈先下降后上升的趋势,90日龄高于0(P<0.01)、14和30日龄(P<0.05);在睾丸组织中总体呈上升趋势;在皮肤组织中呈现为生长前期高于后期的趋势(P<0.01)。绵羊PROP1和PRLR基因表达存在明显的组织表达差异和发育变化差异;PROP1和PRLR基因的表达可能对绵羊繁殖等性状的发育有一定的调节作用。     

猪瘟病毒RT-PCR检测方法的研究

为建立一种能够快速、确切诊断猪瘟（CSF）的方法,根据GenBank上已发表的猪瘟病毒（CSFV）核酸序列设计并合成了一对能特异性扩增CSFV基因片段的引物,经过条件优化后,建立了检测CSFV的RT-PCR方法,扩增病毒核酸片段长508bp。试验证明,该方法具有良好的特异性、敏感性、重复性和稳定性,简便、快速、高效,为CSFV的快速准确诊断及进一步的CSF流行病学研究提供了重要的技术手段。     

草莓果实发育过程中糖代谢相关基因的表达分析

 为了分析草莓（Fragaria × ananassa Duch.）果实发育过程中可溶性糖积累与相关基因表达量的关系,以‘杜克拉’草莓7个发育时期的果实为试材,利用实时荧光定量RT-PCR的方法,分析果实发育中蔗糖转运蛋白及糖代谢关键酶（酸性转化酶、蔗糖合成酶和蔗糖磷酸合成酶）4个基因的表达量以及可溶性糖含量的变化趋势。结果表明,蔗糖、葡萄糖和果糖含量随着果实发育都呈逐渐增加的趋势,尤其蔗糖积累与果实成熟的关系较密切。随着果实发育,蔗糖磷酸合成酶基因表达量呈逐渐增加的趋势,尤其在果实发育的后期增加较快;蔗糖合成酶和酸性转化酶基因表达量除了白熟期和转色期外,呈逐渐降低的趋势;蔗糖转运蛋白基因表达量呈先升后降,降后又升的变化趋势,尤其在白熟期前急剧增加。结合可溶性糖和基因变化趋势分析表明,蔗糖转运蛋白和蔗糖磷酸合成酶在草莓果实发育过程中发挥着重要的作用。